工程建設指揮部多數(shù)是項目法人為對在建項目實施管理而成立的臨時機構。但有些是以工程建設指揮部的名義與施工單位簽訂的工程建設合同。此時若發(fā)生工程欠款訴訟，訴訟主體的選擇主要取決于工程建設指揮部的法律地位。如果工程建設指揮部依法設立，并且具備獨立的法人資格，其實際法律地位與項目法人的法律地位相同，只是稱謂不同，或者工程建設指揮部是項目法人的子公司，此時的工程建設指揮部具有獨立訴訟主體資格，施工單位提起工程欠款訴訟時應以工程建設指揮部為被告。

　　如果工程建設指揮部是項目法人的分支機構，施工單位提起工程欠款訴訟時訴訟主體的確定則取決于該工程建設指揮部作為分支機構是否依法設立并領取營業(yè)執(zhí)照。

　　若該工程建設指揮部依法設立并領取營業(yè)執(zhí)照，則該工程建設指揮部屬于民事訴訟法第四十九條所規(guī)定的其他組織，根據(jù)民事訴訟法第四十九條的規(guī)定，公民、法人和其他組織可以作為民事訴訟的當事人，該工程建設指揮部具備訴訟主體資格，施工單位可以選擇該工程建設指揮部作為被告提起訴訟。在勝訴進入執(zhí)行程序后，如果該工程建設指揮部沒有償債能力，施工單位可以在執(zhí)行階段申請變更設立該工程建設指揮部的項目法人為被執(zhí)行人，人民法院可以裁定執(zhí)行項目法人的財產(chǎn)。

　　若該工程建設指揮部非依法設立或者雖依法設立但并沒有領取營業(yè)執(zhí)照時，根據(jù)最高人民法院《關于適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉若干問題的意見》第41條規(guī)定，法人非依法設立的分支機構，或者雖依法設立，但沒有領取營業(yè)執(zhí)照的分支機構，以設立該分支機構的法人為當事人，此時該工程建設指揮部不具備訴訟主體資格，應以設立該工程建設指揮部的項目法人為被告。