自然保護區(qū)以保護包含某個核心對象的陸地及水體為主要任務，所以，自然保護區(qū)應該保護的是有代表性的生態(tài)系統(tǒng)、珍稀瀕危動物的天然集中分布區(qū)、水源涵養(yǎng)區(qū)、珍貴地質(zhì)建造、地質(zhì)剖面和化石產(chǎn)地等。一個國家的自然保護區(qū)體系，一般要求保護類型比較齊全、布局比較合理，這樣生態(tài)效益和社會效益才比較明顯。

　　一個管理和建設得較好的自然保護區(qū)體系，常常也是能夠直接產(chǎn)生持續(xù)的經(jīng)濟效益的。國外許多保護區(qū)目前已在服務國家的生物醫(yī)學行業(yè)提供物種源上發(fā)揮了很大的作用，我國這方面的例證也不少。

　　當然，我們應該看到，自然保護區(qū)產(chǎn)生經(jīng)濟效益的方法和渠道迥異于通常的資源富集區(qū)，自然保護區(qū)的建設和管理更著重長期和宏觀的效益，對自然保護區(qū)的利用和開發(fā)，前提是保護，保護區(qū)的生態(tài)效益和社會效益應該被放在首位，眼前的經(jīng)濟效益不能作為保護區(qū)建設的工作重點。對這一點，世界發(fā)達國家莫不如是。